昨今、商業登記で様々なツールが出てきた影響だろうか、司法書士に依頼することなく自ら登記申請を行う会社が増えてきている。特に一人会社（取締役が一人のみ）のような小規模会社になると、司法書士に支払う登記費用負担が馬鹿にならないということもある。一方国に納める登録免許税の負担感はより重いものがある。ベンチャー企業などは資金調達のため募集株式（優先株式）の発行は頻繁であり、また執行役員や従業員へのモチベーション付与のため、ストックオプションを発行したりする（会社法上は新株予約権の発行である）。

募集株式の発行やストックオプションの行使が行われると通常資本金が増加する（自己株式を処分する場合は増加しない）。その場合の登録免許税は増加額の1000分の７、資本金が1億円増加すると登録免許税は何と70万円である。ストックオプション行使の前段階には、当然新株予約権の発行があり、登録免許税は6万円、行使して資本金が増加した場合増加額の1000分の7の登録免許税が課される。定款の目的変更など他の登記事項については、3万円の登録免許税であるが、いずれにせよ小規模会社にとっては負担が重い。よくある登記事項としては、役員変更（任期が2年であれば2年ごとに登記申請が必要だ）があるが、資本金1億円以下の会社は1万円、資本金が増加して1億円を超えると3万円に跳ね上がる。ベンチャー企業の育成という観点からはもう少し負担感を軽減してもよいと思うのだが。

登記事項の変更がある場合、株主総会（項目によっては、取締役の決定あるいは取締役会）を開催してそこでの決議が必要となる。通常は、何回も開催する手間を考え様々な事項を議案として取り上げ、決議するのが通常である。この場合、登記申請にあたっては、複数の登記事項を一括で申請することになる。資本金が増加する状況の下で役員変更が行われる場合、登録免許税の負担感という点では、登録免許税が上記の1万円か3万円かは軽視できない。役員変更に係る登録免許税は、どの時点で資本金が増加したかを判断しなければならない。原則は、「役員変更申請時点の登記記録上の資本金の額」である。しかし、一括申請の場合は、登記記録は資本金変更前のものになっているため、この場合は、「役員変更時点の実体上の資本金の額」ということになる（登記研究237号P50）。
例を挙げよう。資本金5000万円の会社において、２名の役員変更と資本金が1億円増加する場合である。
＜ケース１＞①10月20日株主総会で役員変更（+就任承諾）、募集株式発行に関する決議（払込期日10月21日）、②払込期日に募集株式の払込みの場合、申請時の登記記録上も役員変更時点の実体上も1億円以下であるから、登録免許税は1万円である。
＜ケース2＞上記のケースで①の就任承諾が、10月25日になった場合、申請時の登記記録はまだ1億円以下となっているが、役員変更時点の実体上の資本金は1億円超であるから、登録免許税は3万円である。
＜ケース3＞少しややこしくなる。ケース１の場合において、役員１名の就任承諾が遅れ、10月20日と10月25日に分かれるケースである。1万円の場合と3万円の場合が混在する場合には、３万円となる（１万円+３万円ではない）。※ちなみにこのケースは、平成11年の司法書士試験記述式で出題されている。
＜ケース4＞最も悩ましいケースである。役員変更と資本金の増加が同日になる場合だ。総数引受契約によって募集株式を発行する場合、株主総会決議日＝割当日＝払込期日とすることが可能になる（会社法第205条第１項）ことから生ずるケースである。役員就任日は就任承諾があった「日」とされており、資本金の増加も払込みがあったことを条件に払込期「日」とされており、いずれも日単位であるため同時に効力発生となる（正確に言えば当該日の午前0時）。この場合、役員変更時の実体上の資本金は１億円超であるため、登録免許税は３万円となる。逆に同日に資本金が減少し１億円以下となった場合には、１万円となる。

上記のケースからわかるように、役員変更の日や増資払込期日、資本金減少の設定日をどうするかで登録免許税が変わってくることになる。この点については、登記の専門家である司法書士によくよくご相談されることをお勧めする。

【2024年10月21日】